在全国疾病监测系统这一综合的监测系统内，有以下监测项目：
　　1．人口学监测
　　全国疾病监测系统的人口资料来自于1990年中国人口普查结果，每年通过出生和死亡监测数据来进行调整，并可得到分年代、分年龄、分性别的人口资料。
　　2．出生监测
　　按照出生医学证明书收集监测地区所有的出生案例，包括以下项目：父母亲的年龄、文化程度、职业，母亲的生育史（胎次、产次），新生儿的性别、体重等。
　　3．死亡（含死因）监测
　　按照死亡医学证明书收集监测地区所有的死亡案例，包括以下项目：死者的年龄、性别、民族、文化程度、职业、婚姻状况、死亡日期和地点、最高医学诊断单位、诊断分级（尸解、病理和手术诊断、理化诊断、临床诊断、死后推断）、根本死因的ICD-9编码。
　　4．传染病监测
　　在监测系统内按"中华人民共和国传染病防治法"的规定，常规报告新发生的35种传染病，35种传染病分为甲、乙、丙三类（见表1）。各监测点每月以表格的形式，将有关传染病发生和爆发的数据上报给中国预防医学科学院疾病监测室。每年在监测点内开展传染病的漏报调查用来校正报告数据。
　　表1： 甲、乙、丙三类法定及监测传染病

　　5．有关烟草使用的监测
　　定期收集吸烟以及吸烟对健康影响的信息是十分必要的，尤其是了解它的流行情况。目前，在疾病监测系统有2类形式的监测：一类是有关烟草使用与死亡关系的监测，另一类是有关吸烟行为及相关知识、态度流行率的监测。
　　第一类监测：从1991年开始，在45个疾病监测点对250000名40岁以上的吸烟者和非吸烟者进行追踪，使用调查表（超过100多项内容）观察他们的行为（包括吸烟、饮酒等）以及他们的生活环境，直至他们死亡为止，并记录他们死亡的原因。然后对吸烟者和非吸烟者的死亡原因进行比较。
　　第二类监测：全国吸烟行为的流行病学调查在1996年进行。调查的内容包括有关吸烟、戒烟、被动吸烟以及相关知识、态度等52项内容。
　　6．行为危险因素监测
　　目前建立的行为危险因素监测系统是世界银行贷款疾病预防项目（包括计划免疫）健康促进子项目的一部分。该项目健康促进部分的目标是预防慢性非传染性疾病（NCD），以及性传播疾病（STD）和艾滋病（AIDS）。7个项目城市为：北京、上海、天津、威海、柳州、洛阳、成都；一个项目省为云南省。收集的监测信息包括以下几类内容：人口学资料、健康状况、卫生服务、吸烟、饮酒、高血压意识（包括血压测量）、高血脂意识（包括血脂检测）、体育锻炼、营养及饮食（包括身高和体重）、乳腺检查、意外伤害和性病、艾滋病。