全国疾病监测系统建立初始就严格遵循统一的工作模式，保证了数据的质量，能够真实的反映中国人群的健康模式。这也是该系统的资料享有很高荣誉，得到了国内外专家高度赞扬的原因。我们从以下六个方面来介绍全国疾病监测系统的工作模式。
　　1．监测点的管理框架
　　卫生部是全国疾病监测工作的最高行政领导机构，具体由疾病控制司负责，决定疾病监测的方针、政策、审核计划方案。全国疾病监测工作在卫生部疾病控制司的领导下，由中国预防医学科学院负责，并在流研所设置全国疾病监测的专业机构-全国疾病监测室，指导全国疾病监测工作。它是全国最高业务领导机构，对各省、市疾病监测工作，有直接业务领导责任；具体负责设计监测方案，汇总分析全国资料；业务培训，督促检查指导省（自治区、直辖市）级疾病监测工作。相关的组织框架图见图3。

图3： 全国疾病监测组织框架示意图

　　2．现场管理
　　为保证数据质量和保证监测工作的正常运转，在全国疾病监测系统内形成了一整套行之有效的制度，如例会制度、疑难个案核查制度、月报与年报的报告制度、人员培训与考核制度等。
　　3．人员培训
疾病监测工作是一专业性很强的信息管理和分析工作，要求从事疾病监测工作的同志具备一定的基础知识。因此，在监测系统创立初始就对监测点内的医师和工作人员进行了培训，在以后每年内还针对不同的需要开展了多次培训，保证了人员的素质及数据的质量。
　　4．数据收集及质量控制
　　死亡数据库的变量包括：死者的年龄、性别、地址、民族、文化程度、职业、死亡日期、地点和ICD-9死因分类。出生数据库包括；父母亲的年龄、民族、地址、文化程度、职业，母亲的生育史、包括产次和胎次，新生儿的出生地点、出生体重、有无畸形、是否死亡等。
为了保证资料质量，通过漏报调查来校正数据。1992-1994年是在随机抽出的1/3监测点上每年开展一次漏报调查，自1995年开始，漏报调查每三年开展一次。漏报调查是通过入户调查5000户人家，依据"捕捉-标记-再捕捉"的原理与原始的报告数据相比较，从而确定漏报率。按照不同性别、不同年龄组和不同地区的漏报率对监测数据进行调整，总的死亡漏报率是13%，总的出生漏报率是15%。
　　5．数据管理和数据库
各监测点的工作人员在核查和整理原始报表后，利用专用软件将数据录入计算机，并按照要求对数据库进行命名，以软盘的形式或经网络传给全国疾病监测室。目前，历年已收集的数据库情况如表2所列：
　　表2： 全国疾病监测系统各种监测数据库的记录（条）

　6．数据分析和报表
　　统计分析时，出生、死亡和传染病数据按照不同地区汇总，结合各地区相应的人口资料，可计算出率。婴儿死亡率（IMR）以每年出生的活产婴儿为分母。出生、死亡（含死因）和传染病数据还可按照年代、年龄组、性别、农村/城市地区进行统计分析。分析结果以疾病监测年报的形式按期出版，从1990年至今，共出版年报8期（1990-1997），1998年的年报即将在网页上以电子刊物的形式出版。